Question n°1 (2,5 points) Répondre par vrai ou faux aux assertions suivantes.

A1. La phosphorylation du glucose est une barrière pour son entrée-sortie de la cellule.
A2. L'insuline se fixe sur son récepteur selon un processus de coopérativité négative.
A3. La sous-unité γ des protéines G possède une activité phosphatase.
A4. Une concentration élevée en citrate ralentit la glycolyse.
A5. Une fois activée, la sous-unité γ d'une protéine G se dissocie de la membrane pour se fixer sur sa protéine cible.
A6. La protéine kinase A n'est pas activée par l'ADP.
A7. Un fichier FASTA commence par le signe dièse (#).
A8. Le Pli Rossmann correspond β-β-α-β-β.
A9. La résolution des modèles sous contraintes de reconstruction métabolique l'échelle d'un génome s'appuie sur l'hypothèse de l'état stationnaire qui découle de l'échelle de temps considéré.
A10. L'ontologie permet l'annotation des ressources en omique .

Question n°2 (7 points) Donner une réponse courte et simple aux questions suivantes.

Q1. Citer une protéine kinase qui est sa propre cible.
Q2. Citer un type de modification post-traductionnelle d’un domaine intra-cellulaire d’une protéine trans-membranaire.

Q3. Qu’ont de particulier les siRNA en 3’ ?

Q4. Comment obtenir la séquence (dégénérée ou non) en acides aminés la plus représentative d’une fonction d’une famille de protéines (exemple : site actif, site de fixation d’un ligand, site d’interaction entre protéines, …) ?

Citer un outil qui permet de le faire.

Q5. Citez un substrat d’une enzyme à régulation allostérique que cette enzyme fixe de manière non coopérative.

Q6. Citez une base de données de voies métaboliques.

Q7. Citer 3 rôles biologiques de l’ATP.

Q8. Ecrire (code à 1 lettre) dans la syntaxe Prosite : Lys puis n'importe quel acide aminé puis 2 fois (Asp ou Glu) puis 0 à n acide(s) aminé(s) quelconque(s) puis n'importe quel acide aminé sauf Trp.
Q9. Citer une famille de protéines qui assurent le transport facilité du glucose.
Q10. Séquence 1 : DLDGNGYx(3,4)E - Séquence 2 : RFAGIKRLF{DE}D - Séquence 3 : GxGxSGSxG.
De ces 3 séquences, quelle est la plus probable pour un motif « EF-Hand » ? Pourquoi ?

Question n°3 (5 points)

       R1
(1) ATP + récepteur <======> récepteur activé
       R2

     R3
(2) Protéine Gα-GDP <======> Protéine Gα-GTP
     R4

    R5
Phospholipase C + ATP --------------> Phospholipase C activée

Remplir la matrice de stœchiométrie S associée aux réactions (1), (2) et (3) ci-dessus.

  R1 R2 R3 R4 R5
           
           
           
           
           
           
           

Donner une réponse courte et simple (mots-clé) aux questions suivantes.

Q1. De quel type précis de récepteur s’agit-il sachant, qu’activé, on observe un influx [Ca2+/Na+] et un efflux K+ ?

Q2. Pourquoi la réaction (1) est-elle réversible ?

Pourquoi la réaction (3) est-elle irréversible ?

Q3. Ecrire l’équation de la vitesse globale de la réaction (2) [les constantes de vitesse sont k3 et k4, respectivement].

Q4. Quelle incidence une diminution de l’ATP a-t-elle sur l’activation de la phospholipase C ?
Q5. Quelle incidence une augmentation de l’ATP a-t-elle sur la libération du calcium du réticulum endoplasmique ?
Q6. Si la sous-unité a de la protéine G est de la classe Gi/o, active-t-elle la phospholipase C ?

Question n°4 (2,5 points)

Ci-dessous, 6 séquences (fictives) de sites de phosphorylation par une Ser/Thr protéine kinase.

Alignement sequence consensus site phosphorylation proteine kinase biochimej

Ecrire la séquence consensus minimale la plus précise de ces sites de phosphorylation (x désignant n’importe quel acide aminé).

Quelles sont, parmi les séquences suivantes, celles susceptibles d’être des séquences cibles d’une Tyr protéine kinase ?

1 : YSTYSTYSTYSTYSTYSTYST
2 : GGFGDVGALESLRGNADLASI
3 : ESLRGNADLAYILSMEPCGHC
4 : DDSIGTSSWTSDNDD
5 : TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
6 : ARHADAEMTGYVVTRWYRAPE
7 : FAKIDQGDLMTPQFTPVAPY-COO-

Quelles sont les séquences aberrantes ?

Question n°5 (3 points)

Faire le schéma le plus simple (en utilisant les abréviations mentionnées ci-dessous) sur la base des assertions suivantes.
Remarque : il ne sera pas tenu compte des schémas sales ou raturés ou trop compliqués.

L'adénylate cyclase (AC) synthétise l'AMPc à partir de l'ATP.
L'AMPc active la protéine kinase A AMPc dépendante (PKA).
La phosphodiestérase (PDE) hydrolyse l'AMPc en AMP.
La PDE est activée par la PKA.
La PDE est inhibée par la théophylline (Th).

On ajoute une « théophilinase » qui dégrade la Th. Comment évolue le taux d’ATP ?

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