#!/usr/bin/env python # -*-coding:Utf-8 -*- ####################### Affichage identites entre deux sequences lues dans deux fichier ####################### # Ouverture des fichiers et lecture des sequences #nomDuFichier = raw_input('nom du fichier contenant la premiere sequence : ') #FichierOuvert = open(nomDuFichier) #sequence1 = FichierOuvert.read() #FichierOuvert.close() #nomDuFichier = raw_input('nom du fichier contenant la seconde sequence : ') #FichierOuvert = open(nomDuFichier) #sequence2 = FichierOuvert.read() #FichierOuvert.close() sequence1 = "AAGCAGAAGCTAAAGGAAGAGGCCGAGAAACTGCAGCAGGAGTTTGGCTATTGCGTTTTAGATGGCCACAGAGAAAAAATAGGCAATTTCAAGACGGAACCACCCGGCTTGTTCCGTGGCCGAGGTGACCATCCCAAGAT" sequence2 = "GGGGATGTTGAAGAGGAGGGTCATGCCAGAGGATGTGGTCATTAACTGCAGCAGGGATTCCAAGATCCCTGAGCCCCCAGCCGGTCACCAGTGGAAAGAGGTACGCTCAGATAACACAGTCATGTGGCTGGCTGCCTGGGTGGAGCACATC" print "longueur sequence 1 :", len(sequence1) print "sequence 1 :", sequence1 print "longueur sequence 2 :", len(sequence2) print "sequence 2 :", sequence2 # Comparaison des sequences et construction de la chaine des identites longueurComparaison = min(len(sequence1),len(sequence2)) # taille de la comparaison print "longueur comparaison :", longueurComparaison identite = '' # initialisation variable chaine vide for caractere in range (longueurComparaison): if sequence1[caractere] == sequence2[caractere] : identite = identite + ':' else : identite = identite + ' ' # Affichage for i in range(0,longueurComparaison,80) : # lecture par bloc de 80 print(sequence1[i:i+80]) print(identite[i:i+80]) print(sequence2[i:i+80]) print("\n") # Retour a la ligne