Analyse des protéines - scripts Python
Recherche d'articles dans PubMed - NCBI (via Entrez et les outils "Eutils")	Recherche PUBMED
- Dénombrement d'un nucléotide dans une séquence - Entrer une séquence (input) et la nettoyer / ouvrir et lire un fichier / liste et dictionnaire	Dénombrement nucléotides - Calcul Tm
- Calcul de l'hydrophobicité moyenne d'un peptide - Entrer une sequence et la nettoyer / liste et dictionnaire - Affichage du décours du calcul / écrire et lire un fichier	Hydrophobicité d'un peptide
- Calcul de l'hydrophobicité moyenne d'une proteine - Sequence du NCBI / la nettoyer / liste et dictionnaire - Ecrire et lire un fichier - Graphique du profil	Profil hydrophobicité d'une chaine polypeptidique
- Interrogation de Entrez (outils "Eutils" - SeqIO) - Création de liens hypertextes dans une page HTML via Python - Classe et objet / liste et dictionnaire - Bibliothèques BioPython, pylab et numpy	Propriétés physico-chimiques de chaines polypeptidiques
- Interrogation PDB (structure des protéines) : parser "Bio.PDB.PDBParser()" - Classe et objet - Bibliothèques BioPython, pyplot et numpy	Diagramme de Ramachandran
- Interrogation PDB : recherche position des cystéines impliquées dans un pont disulfure - Lecture - écriture dans un fichier	Ponts disulfure
- Interrogation PDB : calcul du barycentre des carbones alpha des acides aminés - Tableau Numpy	Calcul du barycentre d'une chaine polypeptidique
- Interrogation PDB (structure des protéines) : parser "Bio.PDB.PDBParser()" - Calcul des distances entre les carbones alpha de 2 chaines polypeptidiques - Calcul et représentation des aires de contacts entre 2 chaines polypeptidiques	Contacts entre 2 chaines polypeptidiques
- Interrogation Pfam (domaines des protéines) - Récupération d'un fichier HMM ("Hidden Markov models")	Recherche d'un profil HMM
- Interrogation PDB (structure des protéines) : parser "Bio.PDB.PDBParser() - Gestion des erreurs - Création de fichiers PDB : module "Bio.PDB.PDBIO()" - Visualisation avec JSmol	Superposition de structures de protéines