#!/usr/bin/env python
# -*-coding:Utf-8 -*

#########################  Lecture fichier PDB apres avoir entre le code PDB  (E. Jaspard 2017)  #########################

import urllib      # Le module urllib fait partie de la bibliotheque standard de Python.

CodePDB = raw_input("Entrer le code PDB : ")
URLPDB = "http://files.rcsb.org/view/" + CodePDB + ".pdb"      # symbole + pour concatener des chaines / Exemple : https://files.rcsb.org/view/2NBT.pdb
print"URL PDB demandee : ", URLPDB

FichierPDB = urllib.urlopen(URLPDB)    # fonction urlopen ==> lit le texte complet de la page web / comme pour un fichier texte 

PONTnumero = 1
NombrePONTS = 0

EcriturePONTS = open('PontDisulfure.txt', 'w')  
# w : ouverture en ecriture (WRITE) / a chaque ouverture le contenu du fichier est ecrase. Si le fichier n'existe pas python le cree.
# a : ouverture avec ajout a la fin du fichier (APPEND). Si le fichier n'existe pas python le cree.

print"Position des cysteines impliquees dans les ponts :"
for LigneEnCours in FichierPDB.readlines():  # Les 2 points ':' sont necessaires a la syntaxe /  readlines() est une methode
	if(len(LigneEnCours) > 6):
		if(LigneEnCours[0:6] == "SSBOND"):
		 print"numero ", PONTnumero, " => ", LigneEnCours [10:40:+1]  # Affichage de la ligne en cours a partir de la 7eme position
		 PONTnumero += 1
		 NombrePONTS += 1
		 EcriturePONTS.write(LigneEnCours)
if NombrePONTS == 0:
  print ("Aucun pont disulfure.")
EcriturePONTS.close()
FichierPDB.close()

print("\n")   # Retour a la ligne

LecturePONTS = open('PontDisulfure.txt', mode = 'r')
print"Lecture des lignes fichiers PONTS : "
indice = 1
for LigneEnregistre in LecturePONTS.readlines():
 print"Ligne enregistree ", indice , " => ", LigneEnregistre [10:40:+1]  # Affichage de la ligne en cours a partir de la 7eme position  
 indice += 1
LecturePONTS.close()

print("\n")   # Retour a la ligne