#!/usr/bin/env python
# -*-coding:Utf-8 -*-

#######################   1. Saisie de la sequence du peptide et nettoyage de la sequence  #######################   
peptide = raw_input("Entrez la sequence du peptide en majuscules : ")

print("\n")   # Retour a la ligne

nonValides = 0						# Initialisation de la variable nombre caracteres non valides
caracteresNonValides = ''			# Initialisation de la chaine de caracteres non valides
sequenceCorrecte = ''					# Initialisation de la chaine de caracteres valides

for acideAmine in peptide :			# boucle pour parcourir la chaine "peptide"
	if acideAmine not in "AERTYIPMLKHGFDSQWCVN" :
		caracteresNonValides = caracteresNonValides + acideAmine
		nonValides = nonValides + 1
		sequenceCorrecte = sequenceCorrecte

    	else :
    	    sequenceCorrecte = sequenceCorrecte + acideAmine				# On concatene tous les caracteres valides

nombreReelAA = len(peptide) - nonValides    		# nombre d'acides amines valides du peptide	
	
print "Caracteres non valides :",caracteresNonValides	
print("\n")   # Retour a la ligne

#######################   2. Affichage des residus hydrophobes du peptide   #######################   
residusHydrophobes ='' 							# initialisation de la chaine vide des residus hydrophobes

for acideAmine in sequenceCorrecte : 			# boucle pour parcourir la chaine "peptide"
    if acideAmine in 'ACFILMV' :
        residusHydrophobes = residusHydrophobes + '*' 	# si residu hydrophobe : on ajoute * dans la chaine "residusHydrophobes"
    else :
        residusHydrophobes = residusHydrophobes + ' ' 	# sinon : on ajoute un espace dans la chaine "residusHydrophobes"

print "Sequence corrigee   :", sequenceCorrecte
print "Residus hydrophobes :", residusHydrophobes

print("\n")   # Retour a la ligne

#######################   3. Creation de deux listes a partir d'un tableau dans un fichier texte & creation d'un dictionnaire   ####################### 
listeAcidesAmines = []   				# creation liste vide
listeHydrophobicite = []  				# creation liste vide
dictionnaire = {}						# creation d'un dictionnaire vide

fichierOuvert = open('hydrophobicite.txt')  		# Ouverture du fichier qui contient le tableau acide amine <=> valeur d'hydrophobicite
fichierOuvert.readline()                    		# lecture de la ligne d'entete avec readline() => on n'en fait rien car pas stocke dans une variable
for ligne in fichierOuvert.readlines():         	# boucle de lecture des AUTRES lignes avec readlines()
    AA,indexHydrophobicite = ligne.strip().split()  # Convertion chaine en liste : methode split() avec comme parametre = le(s) caractere(s) utilise(s) pour decouper la chaine (ici l'espace)
    listeAcidesAmines.append(AA)             		# ajoute AA dans ListeAcidesAmines
    listeHydrophobicite.append(float(indexHydrophobicite))  # ajoute la valeur d'hydrophobicite (indexHydrophobicite) convertie en reel

    dictionnaire[AA] = indexHydrophobicite			# Associe chaque cle (l'acide amine) a chaque valeur (son hydrophobicite) dans le dictionnaire

#######################   4. Affichage des listes et du dictionnaire  ################
print "Acide amine","     Hydrophobicite"
for i in range(20):
    print '    ' , listeAcidesAmines[i] , '              ' , listeHydrophobicite[i]

print("\n")   # Retour a la ligne

print "Dictionnaire {'Acide amine': 'Hydrophobicite'} :"
print dictionnaire 

print("\n")   # Retour a la ligne
  
#######################   5. Autre affichage dictionnaire  ################
print "Autre affichage du dictionnaire :"
for cles,valeurs in dictionnaire.items():
	print "Acide amine :", cles, "       hydrophobicite :", valeurs

# IMPORTANT : une virgule ou le terme end ='' en fin de "print" empeche le retour a la ligne

print("\n")   # Retour a la ligne
	
#######################   6. Calcul hydrophobicite globale du peptide   ################
print "Sequence corrigee :", sequenceCorrecte
sommeHydrophobicite = 0				# Initialisation de la variable somme de l'hydrophobicite

#####   Somme de l'hydrophobicite   #####		
for acideAmine in sequenceCorrecte :			# boucle pour parcourir la chaine "peptide"
    		valeurHydrophobicite = dictionnaire.get(acideAmine)   	# La methode get recupere la valeur associee a une cle dans un dictionnaire
    		valeurHydrophobicite = float(valeurHydrophobicite)   	# Transformation de la chaine de caractere en reel pour calculer la somme d'hydrophobicite
    		sommeHydrophobicite += valeurHydrophobicite   			# Accumulation (operateur +=) des valeurs d'hydrophobicite dans la meme variable
    		print "Acide amine :", acideAmine, "| hydrophobicite :", dictionnaire.get(acideAmine), "| hydrophobicite cumulee =", sommeHydrophobicite

hydrophobiciteMoyenne = sommeHydrophobicite/nombreReelAA			# On ramene l'hydrophobicite au nombre d'acides amines

print("\n")   # Retour a la ligne

#######################   7. Affichage sequence valide et hydrophobicite moyenne du peptide ################
print "Somme de l'hydrophobicite :        ", sommeHydrophobicite
print "Nombre de caracteres non valides : ", nonValides    
print "Sequence corrigee du peptide :     ", sequenceCorrecte
print "Longueur du peptide :              ", nombreReelAA, "acides amines"
print "Hydrophobicite moyenne du peptide :", hydrophobiciteMoyenne

print("\n")   # Retour a la ligne