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# -*-coding:Utf-8 -*

#########################     Calcul hydrophobicite peptide -  E. Jaspard (2017)           #########################

peptide = raw_input("Entrez la sequence du peptide en majuscules : ")
print("\n")   # Retour a la ligne
nonValides = 0						# Initialisation de la variable nombre caracteres non valides
caracteresNonValides = ''			# Initialisation de la chaine de caracteres non valides
sequenceCorrecte = ''					# Initialisation de la chaine de caracteres valides
for acideAmine in peptide :			# boucle pour parcourir la chaine "peptide"
	if acideAmine not in "AERTYIPMLKHGFDSQWCVN" :
		caracteresNonValides = caracteresNonValides + acideAmine
		nonValides = nonValides + 1
		sequenceCorrecte = sequenceCorrecte
        else :
            sequenceCorrecte = sequenceCorrecte + acideAmine				# On concatene tous les caracteres valides
nombreReelAA = len(peptide) - nonValides    		# nombre d'acides amines valides du peptide		
print "Caracteres non valides :",caracteresNonValides	
residusHydrophobes ='' 							# initialisation de la chaine vide des residus hydrophobes
for acideAmine in sequenceCorrecte : 			# boucle pour parcourir la chaine "peptide"
    if acideAmine in 'ACFILMV' :
        residusHydrophobes = residusHydrophobes + '*' 	# si residu hydrophobe : on ajoute * dans la chaine "residusHydrophobes"
    else :
        residusHydrophobes = residusHydrophobes + ' ' 	# sinon : on ajoute un espace dans la chaine "residusHydrophobes"
print "Sequence corrigee   :", sequenceCorrecte
print "Residus hydrophobes :", residusHydrophobes
listeAcidesAmines = []   				# creation liste vide
listeHydrophobicite = []  				# creation liste vide
dictionnaire = {}						# creation d'un dictionnaire vide
import StringIO
f = StringIO.StringIO('''#residu hydrophobicite
I	+4.5
F	+2.8
V	+4.2
L	+3.8
W	-0.9
M	+1.9
A	+1.8
G	-0.4
C	+2.5
Y	-1.3
P	-1.6
T	-0.7
S	-0.8
H	-3.2
N	-3.5
E	-3.5
Q	-3.5
D	-3.5
K	-3.9
R	-4.5''')
f.readline()                    		# lecture de la ligne d'entete avec readline() => on n'en fait rien car pas stocke dans une variable
for ligne in f.readlines():         	# boucle de lecture des AUTRES lignes avec readlines()
    AA,indexHydrophobicite = ligne.strip().split()  # Convertion chaine en liste : methode split() avec comme parametre = le(s) caractere(s) utilise(s) pour decouper la chaine (ici l'espace)
    listeAcidesAmines.append(AA)             		# ajoute AA dans ListeAcidesAmines
    listeHydrophobicite.append(float(indexHydrophobicite))  # ajoute la valeur d'hydrophobicite (indexHydrophobicite) convertie en reel
    dictionnaire[AA] = indexHydrophobicite			# Associe chaque cle (l'acide amine) a chaque valeur (son hydrophobicite) dans le dictionnaire
print "Acide amine","     Hydrophobicite"
for i in range(20):
    print '    ' , listeAcidesAmines[i] , '              ' , listeHydrophobicite[i]
print "Dictionnaire {'Acide amine': 'Hydrophobicite'} :"
print dictionnaire 
print "Autre affichage du dictionnaire :"
for cles,valeurs in dictionnaire.items():
	print "Acide amine :", cles, "       hydrophobicite :", valeurs
print "Sequence corrigee :", sequenceCorrecte
sommeHydrophobicite = 0				# Initialisation de la variable somme de l'hydrophobicite
for acideAmine in sequenceCorrecte :			# boucle pour parcourir la chaine "peptide"
    		valeurHydrophobicite = dictionnaire.get(acideAmine)   	# La methode get recupere la valeur associee a une cle dans un dictionnaire
    		valeurHydrophobicite = float(valeurHydrophobicite)   	# Transformation de la chaine de caractere en reel pour calculer la somme d'hydrophobicite
    		sommeHydrophobicite += valeurHydrophobicite   			# Accumulation (operateur +=) des valeurs d'hydrophobicite dans la meme variable
    		print "Acide amine :", acideAmine, "| hydrophobicite :", dictionnaire.get(acideAmine), "| hydrophobicite cumulee =", sommeHydrophobicite
hydrophobiciteMoyenne = sommeHydrophobicite/nombreReelAA			# On ramene l'hydrophobicite au nombre d'acides amines
print "Somme de l'hydrophobicite :        ", sommeHydrophobicite
print "Nombre de caracteres non valides : ", nonValides    
print "Sequence corrigee du peptide :     ", sequenceCorrecte
print "Longueur du peptide :              ", nombreReelAA, "acides amines"
print "Hydrophobicite moyenne du peptide :", hydrophobiciteMoyenne