#!/usr/bin/env python
# -*-coding:Utf-8 -*


####################   Tracer un graphique d'hydrophobicite d'une proteine (E. jaspard - 2018)    ####################
#########  Adapte de A. Kumar (http://www.biob.in/2014/05/hydrophobicity-plot-using-biopython.html)   ##############
#########  Adapte de http://www.dalkescientific.com/writings/NBN/plotting.html   ##############


from pylab import *
from Bio import SeqIO

fichierFasta = open("P11229.fasta") 		# P11229 = fichier fasta RCPG 
for record in SeqIO.parse(fichierFasta, "fasta"):
 numeroAccession = record.id
 sequence = record.seq 						# "seq" est un attribut de l'objet "SeqRecord" 
 nombreResidus = len(sequence)
fichierFasta.close()

TableKyteDoolitle = { 'A': 1.8,'R':-4.5,'N':-3.5,'D':-3.5,'C': 2.5,'Q':-3.5,'E':-3.5,'G':-0.4,'H':-3.2,'I': 4.5,
       'L': 3.8,'K':-3.9,'M': 1.9,'F': 2.8,'P':-1.6,'S':-0.8,'T':-0.7,'W':-0.9,'Y':-1.3,'V': 4.2 }
valeurs = []
for residus in sequence:
 valeurs.append(TableKyteDoolitle[residus])


####################   Calcul de la moyenne sur 5 residus : 3 - 1 - 3    ####################
# Les 3 residus N-terminaux et les 3 residus C-terminaux ne sont pas utilises car ils n'ont pas 4 voisins
hydrophobicite = []							# hydrophobicite = variable en ordonne
for i in range(3, nombreResidus-3):  		# Parcours de la sequence de aa = +3 - aa = longueur totale -3
    NterNterNter = valeurs[i-3]
    NterNter = valeurs[i-2]
    Nter = valeurs[i-1]
    residuConsidere = valeurs[i]
    Cter = valeurs[i+1]
    CterCter = valeurs[i+2]
    CterCterCter = valeurs[i+3]
    hydrophobiciteMoyenne = (NterNterNter + NterNter + Nter + residuConsidere + Cter + CterCter + CterCterCter) / 7
    hydrophobicite.append(hydrophobiciteMoyenne)
    
    
####################   Graphique : les 3 residu N-terminaux et les 3 residu C-terminaux sont exclus   ####################
numeroAA = range(3, 3+len(hydrophobicite))			# numeroAA = variable en abcisse
plot(numeroAA, hydrophobicite, linewidth=1.0)

xlabel("Numero du residu")
ylabel("Hydrophobicite")
title("Profil d'hydrophobicite de " + numeroAccession)

show()  			# Commande pour afficher via numpy