De nombreuses protéines appelées flavoenzymes ou flavoprotéines comportent un groupe prosthétique qui participe au mécanisme catalytique :

Source : "Principes de Biochimie" Horton et al. (1994), Ed. DeBoeck Universités

• la flavine adénine dinucléotide ou FAD (l'ensemble de la molécule, figure ci-dessus)

• la flavine mononucléotide ou FMN (la partie en noir)

Le centre réactionnel est un noyau aromatique tricyclique, l'isoalloxazine :

• la partie de ce centre impliqué dans le déplacement des électrons au sein du complexe I est coloré en rouge ;
• l'isoalloxazine est liée au ribitol, un ose dérivé du ribose ;
• l'ensemble de ces deux molécules constituent la riboflavine.

Quand la FMN est couplée par une liaison pyrophosphate à l'AMP (partie en bleue) on obtient le FAD.