a. Dérivation du 1er acide aminé : la fonction a-aminée (NH3+) de l'acide aminé en position N-terminale (le "premier" de la chaîne polypeptidique) réagit avec le par l'isothiocyanate de phényle (PITC), appelé aussi réactif d'Edman.
On obtient le dérivé phénylthiocarbamyle de de la protéine ou du peptide à séquencer.
b. Coupure : La liaison peptidique liant l'acide aminé en position N-terminale est spécifiquement coupée par l'action de l'acide trifluoroacétique (F3CCOOH). Les liaisons entre les autres acides aminés (liaison peptidique) demeurent intactes.
Le dérivé anilinothiazolinone de l'acide aminé N-terminal est séparé du reste de la chaîne polypeptidique par extraction avec un solvant organique, le chlorure de butyle.
c. Formation du PTH-acide aminé N-terminal : On traite ce dérivé instable par une solution acide qui le transforme en dérivé stable : le phénylthiohydantoïne acide aminé (PTH - acide aminé).
d. Séparation et identification du PTH-acide aminé N-terminal : Le PTH - acide aminé est séparé, quantifié et identifié par chromatographie en phase reverse avec une phase stationnaire sur laquelle est greffée une chaîne alkylée en C18 (octadécyl).
