L'ubiquinone, ou coenzyme Q, est une benzoquinone qui porte 4 substituant dont une longue chaîne hydrophobe (ce qui lui confère une solubilité dans les lipides).

Elle possède trois niveaux d'oxydation :

Source : Horton et al. (1994) "Principes de Biochimie", Ed. DeBoeck Universités

• une forme oxydée Q ou ubiquinone
• un radical libre Q.^- ou semiquinone
• une forme réduite QH₂ ou ubiquinol

Dans le cycle Q, Q et QH₂ diffusent d'une face à l'autre de la membrane mitochondriale interne.