Interactions protéine - protéine et interactomique - Extinction de fluorescence
Voir le cours sur les interactions protéine-ligand.

1. Définir les phénomènes de fluorescence et d'extinction de fluorescence ou "quenching".

L'extinction de fluorescence ("fluorescence quenching") diminue le rendement de l'émission de fluorescence.

Ce processus correspond à la réaction physico-chimique : Mf*+D -> M+D
Mf* est la molécule fluorescente (fluorophore) dans un état activé (*) et D est le désactivateur ("quencher").


2. Le tableau suivant indique le rapport des rendements de fluorescence d'un fluorophore en absence (f0) ou en présence (f[Q]) d'un désactivateur à la concentration [Q].

Calculer la constante de vitesse de désactivation kq avec une durée de vie de l'état excité du fluorophore τ0 = 10-14 s.

[Q] (mM) f0/f[Q] f0/f[Q] - 1
0 1 0
0,4 1,06 0,06
0,8 1,12 0,12
1,5 1,22 0,22
2,8 1,42 0,42
3,9 1,59 0,59
4,7 1,71 0,71
5,5 1,83 0,83

La cinétique de désactivation suit l'équation de Stern - Volmer :

extinction quenching fluorescence fret Stern Volmer emission excitation donneur accepteur radiatif GFP YFP BFP donor acceptor biochimej

La représentation f0/f[Q] - 1 = f([Q]) est donc une droite de pente KSV.

  • f0 : intensité de fluorescence en absence du désactivateur.
  • f[Q] : intensité de fluorescence en présence du désactivateur à différentes concentrations [Q].
  • KSV (constante de Stern - Volmer) = τ0 . kq
    • τ0 : durée de vie de l'état excité émissif Mf* en absence du désactivateur.
    • kq : constante de vitesse de la diffusion du désactivateur (taux de désactivation).

Les valeurs du tableau permettent de déterminer la pente de la droite : KSV = 151,3 M-1

Donc : kq = KSV / τ0 = 151,3 M-1 / 10-14 s = 1,51 1016 M-1.s-1

kq est une constante de vitesse microscopique du second ordre (réaction bimoléculaire Mf*+D).

interactome protein interaction intensite fluorescence absorption emisssion energie quenching quencher desactivation Stern Volmer biochimej


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