Analyse des protéines - scripts Python
Recherche d'articles dans PubMed - NCBI (via Entrez et les outils "Eutils") Recherche PUBMED
- Dénombrement d'un nucléotide dans une séquence
- Entrer une séquence (input) et la nettoyer / ouvrir et lire un fichier / liste et dictionnaire
Dénombrement nucléotides - Calcul Tm
- Calcul de l'hydrophobicité moyenne d'un peptide
- Entrer une sequence et la nettoyer / liste et dictionnaire
- Affichage du décours du calcul / écrire et lire un fichier
Hydrophobicité d'un peptide
- Calcul de l'hydrophobicité moyenne d'une proteine
- Sequence du NCBI / la nettoyer / liste et dictionnaire
- Ecrire et lire un fichier
- Graphique du profil
Profil hydrophobicité d'une chaine polypeptidique
- Interrogation de Entrez (outils "Eutils" - SeqIO)
- Création de liens hypertextes dans une page HTML via Python
- Classe et objet / liste et dictionnaire
- Bibliothèques BioPython, pylab et numpy
Propriétés physico-chimiques de chaines polypeptidiques
- Interrogation PDB (structure des protéines) : parser "Bio.PDB.PDBParser()"
- Classe et objet
- Bibliothèques BioPython, pyplot et numpy
Diagramme de Ramachandran
- Interrogation PDB : recherche position des cystéines impliquées dans un pont disulfure
- Lecture - écriture dans un fichier
Ponts disulfure
- Interrogation PDB : calcul du barycentre des carbones alpha des acides aminés
- Tableau Numpy
Calcul du barycentre d'une chaine polypeptidique
- Interrogation PDB (structure des protéines) : parser "Bio.PDB.PDBParser()"
- Calcul des distances entre les carbones alpha de 2 chaines polypeptidiques
- Calcul et représentation des aires de contacts entre 2 chaines polypeptidiques
Contacts entre 2 chaines polypeptidiques
- Interrogation Pfam (domaines des protéines)
- Récupération d'un fichier HMM ("Hidden Markov models")
Recherche d'un profil HMM
- Interrogation PDB (structure des protéines) : parser "Bio.PDB.PDBParser()
- Gestion des erreurs
- Création de fichiers PDB : module "Bio.PDB.PDBIO()"
- Visualisation avec JSmol
Superposition de structures de protéines

 

Animations FLASH (nécessite le plug-in)

1. Energie libre de Gibbs et énergie d'activation

2. Schéma du repliement d'une protéine

3. Activation de la protéine kinase A par l'AMP cyclique

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