Analyse des macromolécules biologiques - But des scripts Python
Recherche d'articles dans PubMed - NCBI (via Entrez et les outils Eutils) sur la base de mots clé Recherche PUBMED
- Dénombrement d'un nucléotide dans une séquence
- Entrer une sequence et la nettoyer / ouvrir et lire un fichier / liste et dictionnaire / calcul / affichages
Dénombrement - Calcul Tm
- Calcul de l'hydrophobicité moyenne d'un peptide
- Entrer une sequence et la nettoyer / liste et dictionnaire
- Affichage du décours du calcul / écrire et lire un fichier
Hydrophobicité peptide
- Calcul de l'hydrophobicité moyenne d'une proteine
- Sequence du NCBI / la nettoyer / liste et dictionnaire
- Ecrire et lire un fichier/ Graphique du profil
Profil hydrophobicité
- Classe et objet / liste et dictionnaire
- Bibliothèques BioPython, pylab et numpy
Propriétés physico-chimiques diverses
- Interrogation PDB : recherche position des cystéines impliquées dans un pont disulfure
- Lecture - écriture dans un fichier
Ponts disulfure PDB
- Interrogation PDB : calcul du barycentre des carbones alpha des acides aminés
- Tableau Numpy
Calcul du barycentre
- Interrogation PDB (structure des protéines)
- Calcul des distances entre les carbones alpha de 2 chaines polypeptidiques
- Calcul et représentation des aires de contacts entre 2 chaines polypeptidiques
Distance - contacts

 

Animations FLASH

1. Energie libre de Gibbs et énergie d'activation

2. Schéma du repliement d'une protéine

3. Activation de la protéine kinase A par l'AMP cyclique

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