Certains ARN adoptent des structures secondaires comme le montre la figure ci-dessous : ARN de la petite sous-unité ribosomale de Escherichia coli.
Source : Comparative RNA Web Site
Il est donc nécessaire pour comparer la migration de tous les types d'ARN de les linéariser, c'est-à-dire de rompre les liaisons hydrogène entre les bases. Pour celà, l'électrophorèse des ARN (totaux ou messagers) est effectuée en conditions dénaturantes :
- Gel : l'agarose est dissous dans une solution de MOPS (acide 3-morpholino 1-propane sulfonique) 20 mM pH 7, acétate Na 8 mM, EDTA 5 mM, formaldéhyde 2,2 M
- Tampon de migration : MOPS 20 mM pH 7, acétate Na 8 mM, EDTA 5 mM
- Traitement des ARN totaux : ils sont dénaturés 15 min à 65°C en présence de formaldéhyde 2,2 M et de formamide 50 %
