La phase stationnaire (en orange, figure ci-dessous) est constituée de silice sur laquelle des chaînes alkylées sont greffées. Ces chaînes lui confère un caractère très hydrophobe.
Source : Brochure colonnes Vydac
Si la phase mobile est très polaire (donc très peu hydrophobe), certaines molécules hydrophobes (ici une protéine) vont établir des interactions hydrophobes avec la phase stationnaire et ainsi être adsorbées.
On augmente alors la concentration en solvant organique (apolaire donc hydrophobe) dans la phase mobile. A une concentration donnée l'hydrophobicité de la phase mobile est plus importante que celle de la phase stationnaire : les molécules hydrophobes sont alors désorbées et éluées.
