Question n°1 (2,5 points) Répondre par vrai ou faux aux assertions suivantes.
| A1. La phosphorylation du glucose est une barrière pour son entrée-sortie de la cellule. | VRAI |
| A2. L'insuline se fixe sur son récepteur selon un processus de coopérativité négative. | VRAI |
| A3. La sous-unité γ des protéines G possède une activité phosphatase. | FAUX |
| A4. Une concentration élevée en citrate ralentit la glycolyse. | VRAI |
| A5. Une fois activée, la sous-unité γ d'une protéine G se dissocie de la membrane pour se fixer sur sa protéine cible. | FAUX |
| A6. La protéine kinase A n'est pas activée par l'ADP. | VRAI |
| A7. Un fichier FASTA commence par le signe dièse (#). | FAUX |
| A8. Le Pli Rossmann correspond à β-β-α-β-β. | FAUX |
| A9. La résolution des modèles sous contraintes de reconstruction métabolique à l'échelle d'un génome s'appuie sur l'hypothèse de l'état stationnaire qui découle de l'échelle de temps considéré. | VRAI |
| A10. L'ontologie permet l'annotation des ressources en « omique ». | VRAI |
Question n°2 (7 points) Donner une réponse courte et simple aux questions suivantes.
| Q1. Citer une protéine kinase qui est sa propre cible. | CDPK / CaM-kinase II / Domaine Tyr -kinase |
| Q2. Citer un type de modification post-traductionnelle d’un domaine intra-cellulaire d’une protéine trans-membranaire. | Palmytoylation - Phosphorylation |
Q3. Qu’ont de particulier les siRNA en 3’ ? |
2 nucléotides non appariés |
Q4. Comment obtenir la séquence (dégénérée ou non) en acides aminés la plus représentative d’une fonction d’une famille de protéines (exemple : site actif, site de fixation d’un ligand, site d’interaction entre protéines, …) ? Citer un outil qui permet de le faire. |
Comparaison - alignement de séquences ClustalW / BLAST |
Q5. Citez un substrat d’une enzyme à régulation allostérique que cette enzyme fixe de manière non coopérative. |
|
Q6. Citez une base de données de voies métaboliques. |
|
Q7. Citer 3 rôles biologiques de l’ATP. |
Nucléotide constitutif de l’ADN - Source d’énergie - Signalisation entre cellules |
| Q8. Ecrire (code à 1 lettre) dans la syntaxe Prosite : Lys puis n'importe quel acide aminé puis 2 fois (Asp ou Glu) puis 0 à n acide(s) aminé(s) quelconque(s) puis n'importe quel acide aminé sauf Trp. | K-x-[DE](2)-x(0,n)-{W} |
| Q9. Citer une famille de protéines qui assurent le transport facilité du glucose. | GLUT |
| Q10. Séquence 1 : DLDGNGYx(3,4)E - Séquence 2 : RFAGIKRLF{DE}D - Séquence 3 : GxGxSGSxG. De ces 3 séquences, quelle est la plus probable pour un motif « EF-Hand » ? Pourquoi ? |
Séquence 1 |
Question n°3 (5 points)
R1 R3 R5 |
Remplir la matrice de stœchiométrie S associée aux réactions (1), (2) et (3) ci-dessus.
| R1 | R2 | R3 | R4 | R5 | |
| ATP | - 1 | 1 | 0 | 0 | - 1 |
| récepteur | - 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| récepteur activé | 1 | - 1 | 0 | 0 | 0 |
| Protéine Gα-GDP | 0 | 0 | - 1 | 1 | 0 |
| Protéine Gα-GTP | 0 | 0 | 1 | - 1 | 0 |
| Phospholipase C | 0 | 0 | 0 | 0 | - 1 |
| Phospholipase C activée | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
Donner une réponse courte et simple (mots-clé) aux questions suivantes.
| Q1. De quel type précis de récepteur s’agit-il sachant, qu’activé, on observe un influx [Ca2+/Na+] et un efflux K+ ? | Les récepteurs trimériques activés par l'ATP (récepteurs purinergiques) |
Q2. Pourquoi la réaction (1) est-elle réversible ? Pourquoi la réaction (3) est-elle irréversible ? |
Changement conformation récepteur Hydrolyse de l’ATP |
Q3. Ecrire l’équation de la vitesse globale de la réaction (2) [les constantes de vitesse sont k3 et k4, respectivement]. |
V = k3 . [PG-GDP] - k4 . [PG-GTP] |
| Q4. Quelle incidence une diminution de l’ATP a-t-elle sur l’activation de la phospholipase C ? | Elle diminue |
| Q5. Quelle incidence une augmentation de l’ATP a-t-elle sur la libération du calcium du réticulum endoplasmique ? | Elle augmente |
| Q6. Si la sous-unité a de la protéine G est de la classe Gi/o, active-t-elle la phospholipase C ? | NON |
Question n°4 (2,5 points)
Ci-dessous, 6 séquences (fictives) de sites de phosphorylation par une Ser/Thr protéine kinase.
Ecrire la séquence consensus minimale la plus précise de ces sites de phosphorylation (x désignant n’importe quel acide aminé). |
TxS[ST]T[GS]I |
Quelles sont, parmi les séquences suivantes, celles susceptibles d’être des séquences cibles d’une Tyr protéine kinase ? 1 : YSTYSTYSTYSTYSTYSTYST |
3 - 6 |
Quelles sont les séquences aberrantes ? Ne répondez pas au hasard car ¼ de point sera enlevé par réponse erronée. |
1 - 5 |
Question n°5 (3 points)
Faire le schéma le plus simple (en utilisant les abréviations mentionnées ci-dessous) sur la base des assertions suivantes.
Remarque : il ne sera pas tenu compte des schémas sales ou raturés ou trop compliqués.
| L'adénylate cyclase (AC) synthétise l'AMPc à partir de l'ATP. L'AMPc active la protéine kinase A AMPc dépendante (PKA). La phosphodiestérase (PDE) hydrolyse l'AMPc en AMP. La PDE est activée par la PKA. La PDE est inhibée par la théophylline (Th). |
|
On ajoute une « théophilinase » qui dégrade la Th. Comment évolue le taux d’ATP ? |
Il diminue |
