Question n°1 (2,5 points) Répondre par vrai ou faux aux assertions suivantes.

A1. La phosphorylation du glucose est une barrière pour son entrée-sortie de la cellule. VRAI
A2. L'insuline se fixe sur son récepteur selon un processus de coopérativité négative. VRAI
A3. La sous-unité γ des protéines G possède une activité phosphatase. FAUX
A4. Une concentration élevée en citrate ralentit la glycolyse. VRAI
A5. Une fois activée, la sous-unité γ d'une protéine G se dissocie de la membrane pour se fixer sur sa protéine cible. FAUX
A6. La protéine kinase A n'est pas activée par l'ADP. VRAI
A7. Un fichier FASTA commence par le signe dièse (#). FAUX
A8. Le Pli Rossmann correspond β-β-α-β-β. FAUX
A9. La résolution des modèles sous contraintes de reconstruction métabolique l'échelle d'un génome s'appuie sur l'hypothèse de l'état stationnaire qui découle de l'échelle de temps considéré. VRAI
A10. L'ontologie permet l'annotation des ressources en omique . VRAI

Question n°2 (7 points) Donner une réponse courte et simple aux questions suivantes.

Q1. Citer une protéine kinase qui est sa propre cible. CDPK / CaM-kinase II / Domaine Tyr -kinase
Q2. Citer un type de modification post-traductionnelle d’un domaine intra-cellulaire d’une protéine trans-membranaire.

Palmytoylation - Phosphorylation

Q3. Qu’ont de particulier les siRNA en 3’ ?

2 nucléotides non appariés

Q4. Comment obtenir la séquence (dégénérée ou non) en acides aminés la plus représentative d’une fonction d’une famille de protéines (exemple : site actif, site de fixation d’un ligand, site d’interaction entre protéines, …) ?

Citer un outil qui permet de le faire.

Comparaison - alignement de séquences

ClustalW / BLAST

Q5. Citez un substrat d’une enzyme à régulation allostérique que cette enzyme fixe de manière non coopérative.

ATP

Q6. Citez une base de données de voies métaboliques.

KEGG - Aracyc

Q7. Citer 3 rôles biologiques de l’ATP.

Nucléotide constitutif de l’ADN - Source d’énergie - Signalisation entre cellules
Q8. Ecrire (code à 1 lettre) dans la syntaxe Prosite : Lys puis n'importe quel acide aminé puis 2 fois (Asp ou Glu) puis 0 à n acide(s) aminé(s) quelconque(s) puis n'importe quel acide aminé sauf Trp.

K-x-[DE](2)-x(0,n)-{W}

Q9. Citer une famille de protéines qui assurent le transport facilité du glucose. GLUT
Q10. Séquence 1 : DLDGNGYx(3,4)E - Séquence 2 : RFAGIKRLF{DE}D - Séquence 3 : GxGxSGSxG.
De ces 3 séquences, quelle est la plus probable pour un motif « EF-Hand » ? Pourquoi ?

Séquence 1

Chargée négativement et polaire

Question n°3 (5 points)

       R1
(1) ATP + récepteur <======> récepteur activé
       R2

     R3
(2) Protéine Gα-GDP <======> Protéine Gα-GTP
     R4

    R5
Phospholipase C + ATP --------------> Phospholipase C activée

Remplir la matrice de stœchiométrie S associée aux réactions (1), (2) et (3) ci-dessus.

  R1 R2 R3 R4 R5
ATP - 1 1 0 0 - 1
récepteur - 1 1 0 0 0
récepteur activé 1 - 1 0 0 0
Protéine Gα-GDP 0 0 - 1 1 0
Protéine Gα-GTP 0 0 1 - 1 0
Phospholipase C 0 0 0 0 - 1
Phospholipase C activée 0 0 0 0 1

Donner une réponse courte et simple (mots-clé) aux questions suivantes.

Q1. De quel type précis de récepteur s’agit-il sachant, qu’activé, on observe un influx [Ca2+/Na+] et un efflux K+ ? Les récepteurs trimériques activés par l'ATP (récepteurs purinergiques)

Q2. Pourquoi la réaction (1) est-elle réversible ?

Pourquoi la réaction (3) est-elle irréversible ?

Changement conformation récepteur

Hydrolyse de l’ATP

Q3. Ecrire l’équation de la vitesse globale de la réaction (2) [les constantes de vitesse sont k3 et k4, respectivement].

V = k3 . [PG-GDP] - k4 . [PG-GTP]
Q4. Quelle incidence une diminution de l’ATP a-t-elle sur l’activation de la phospholipase C ? Elle diminue
Q5. Quelle incidence une augmentation de l’ATP a-t-elle sur la libération du calcium du réticulum endoplasmique ? Elle augmente
Q6. Si la sous-unité a de la protéine G est de la classe Gi/o, active-t-elle la phospholipase C ? NON

Question n°4 (2,5 points)

Ci-dessous, 6 séquences (fictives) de sites de phosphorylation par une Ser/Thr protéine kinase.

Alignement sequence consensus site phosphorylation proteine kinase biochimej

Ecrire la séquence consensus minimale la plus précise de ces sites de phosphorylation (x désignant n’importe quel acide aminé).

TxS[ST]T[GS]I

Quelles sont, parmi les séquences suivantes, celles susceptibles d’être des séquences cibles d’une Tyr protéine kinase ?

1 : YSTYSTYSTYSTYSTYSTYST
2 : GGFGDVGALESLRGNADLASI
3 : ESLRGNADLAYILSMEPCGHC
4 : DDSIGTSSWTSDNDD
5 : TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
6 : ARHADAEMTGYVVTRWYRAPE
7 : FAKIDQGDLMTPQFTPVAPY-COO-

Ne répondez pas au hasard car ¼ de point sera enlevé par réponse erronée.

3 - 6

Quelles sont les séquences aberrantes ?

Ne répondez pas au hasard car ¼ de point sera enlevé par réponse erronée.
1 - 5

Question n°5 (3 points)

Faire le schéma le plus simple (en utilisant les abréviations mentionnées ci-dessous) sur la base des assertions suivantes.
Remarque : il ne sera pas tenu compte des schémas sales ou raturés ou trop compliqués.

L'adénylate cyclase (AC) synthétise l'AMPc à partir de l'ATP.
L'AMPc active la protéine kinase A AMPc dépendante (PKA).
La phosphodiestérase (PDE) hydrolyse l'AMPc en AMP.
La PDE est activée par la PKA.
La PDE est inhibée par la théophylline (Th).

regulation metabolisme AMPc kinase adenylate cyclase theophiline metabolomique matrice coefficient stoechiometrique stoechiometry biochimej

On ajoute une « théophilinase » qui dégrade la Th. Comment évolue le taux d’ATP ?

Il diminue
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