Question n°1 (3 points) Répondre par vrai ou faux aux assertions suivantes.
| A1. La diminution d'insuline diminue les effets du glucagon. | FAUX |
| A2. La sous-unité alpha des protéines G est une GTPase. | VRAI |
| A3. Le domaine intracellulaire du récepteur de l’insuline est couplé à une protéine G. | FAUX |
| A4. Le pli Rossmann fixe indifféremment NAD+ et NADP+. | VRAI |
| A5. Avant de phosphoryler une autre protéine, une CaM-kinase II est sa propre cible. | VRAI |
| A6. La protéine kinase A, l’AMPc et l’adénylate cyclase ont un lien. | VRAI |
| A7. BLAST est un programme d’alignement global de séquences. | FAUX |
| A8. Il faut 1 pli Rossmann pour fixer les 2 nucléotides du NAD(P)+. | FAUX |
| A9. La séquence NFYALGKDS est fortement homologue à la séquence QWWIVGRET. | VRAI |
| A10. Le motif [DN]-x-D-G-[DN]-G-[QTY]-x(4)-E est un site de fixation d’un anion. | FAUX |
| A11. On dispose de plus de modèles de reconstruction métabolique à l’échelle d’un génome pour les Eucaryotes (notamment les plantes) que pour les Procaryotes. | FAUX |
| A12. La sous-unité alpha des protéines G est ancrée dans la membrane. | VRAI |
Question n°2 (4 points) Ecrire 8 mots-clé ou expressions-clé décrivant précisément la régulation du catabolisme du glucose.
Les réponses acceptées doivent décrire le principe de la régulation : Transporteurs GLUT / Symports [Na+/ glucose] / Récepteur insuline / Récepteur à domaine tyrosine kinase / Insuline / Vésicules de stockage de GLUT4 / Fusion des vésicules avec la membrane plasmique / Glucagon / / Phosphorylation ou activité kinase / Réactions thermodynamiquement irréversibles / Hexokinase / Phoshofructokinase 1 ou PFK1 / Phoshofructokinase 2 ou PFK2 / Fructose 2,6 Bis phosphate / Citrate / Protéine kinase AMP cyclique dépendante ou PKA / AMPc / Protéine phosphatase 2A ou PP2A / Régulation allostérique / Charge énergétique adénylique / ... |
Voir, par exemple : "Rôle de GLUT4, de l'insuline et du glucagon dans la régulation de la glycolyse" |
Les réponses non acceptées (trop vagues ou imprécises ou sans rapport direct avec la régulation de la dégradation du glucose) : Régulation / Catabolisme / RCPG / Les autres enzymes de la glycolyse / Glucose / Glucose 6 phosphate / Fructose 6 phosphate / Pyruvate / Saccharose / Amidon / Sucrose synthase / Néoglucogénèse / Voie des pentoses phoshates / Cycle de Krebs / Synthèse ou dégradation du glycogène / Concentrations des métabolites / ATP ou ADP / NAD+ ou NADP+ / "feed-forward" / Formation - dégradation des glucides / Oxydation / Production d'énergie / Acétyl coenzyme A / ... |
Question n°3 (6 points) Bien lire la figure, la légende et les questions avant de répondre.
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Légende : - Tg = « Target » = protéine cible de la protéine étudiée - A, B, C, D : sites de fixation du ligand de la protéine étudiée - KRI et KTI : constantes de dissociation du ligand - RI : forme « activante » de la protéine étudiée |
| Que traduit le schéma ci-dessus ? | Transition allostérique d’une protéine |
| fixation coopérative de son ligand | |
| Combien de [formes / conformations] activantes de la protéine étudiée existe-t-il ? | R0 / RA, RB, RC, RD / RAB, RAC, RAD, RBC, RBD, RCD / RABC, RABD, RACD, RBCD / RABCD soit : 1 + 4 + 6 + 4 + 1 = 16 |
Combien de [formes / conformations] totales de la protéine étudiée existe-t-il ? |
3 formes (T0 / R0 / R0-Tg) x 16 conformations = 48 |
Pourquoi n’y a-t-il pas la forme [T0-Tg] ? |
Trop faible affinité |
Comment s’appelle la constante L ? |
Constante allostérique |
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A quelle forme du 1er schéma correspond la forme « CaM-E » du schéma ci-dessus ? |
R0-Tg |
| A quelle forme du 1er schéma correspond « CaM-E-Ca4 » du schéma ci-dessus ? | RABCD-Tg |
| Trouve-t-on autant de [formes / conformations] activantes potentielles de la protéine étudiée ? | Non |
| Pourquoi ? | Dans le second schéma, les sites ne sont pas distingués en 4 sites A, B, C et D |
De quelle protéine pourrait-il s’agir ? Quel signal cette protéine relaierait-t-elle ? |
Calmoduline : voir cette partie du cours CDPK était accepté du fait des domaines "calmodulin-like" |
| signal calcique | |
Question n°4 (4 points) : Donner une réponse courte et simple (mots-clé) aux questions suivantes.
| Q1. Quelle modification du glucose l’empêche de ressortir de la cellule ? | Phosphorylation |
Q2. Indiquez les positions [début - fin] des nucléotides susceptibles de correspondre à un siRNA : ATGATGGATT10GGAAAGGCAT20GCCTAGGCCC30TGCGTATGGA40TTGGTGA47 |
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Q3. Qu’ont de particulier les siRNA en 3’ ? |
2 nucléotides non appariés |
Q4. Ecrire la réaction catalysée par une protéine kinase. |
protéine (S/T ou Y)-OH + ATP4--Mg2+ -----> |
Q5. Ci-dessous le gel de Napoli et al. (1990).
SI il n’y avait pas eu le phénomène d’interférence ARN, comment auraient été les bandes des pistes 5 et 6 ? Dans ce cas, qu’auraient du faire les auteurs pour visualiser de telles bandes ? |
Encore plus grosse que la bande de la piste 3 Diluer très fortement les échantillons avant le dépôt sur gel |
Q6. Citez une base de données généraliste mondiale spécialisée dans les protéines. |
Uniprot (Swissprot / Expasy) Accepté : "Protein Data Bank" |
Q7. Les gènes codant les récepteurs membranaires sont remplacés par des gènes codant des protéines kinases aptes à phosphoryler toutes les cibles désirées à l’intérieur de la cellule. Que ne peut plus, dés lors, faire une telle cellule ? |
Percevoir et relayer les signaux extra-cellulaires |
Q8. Quelle conséquence génétique aurait le phénomène traduit par la croix rouge dans la figure suivante ?
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Question n°5 (3 points)
Remplir la matrice de stœchiométrie S (ci-dessous) associée aux réactions régies par les constantes de vitesse k1, k2, k3 et k4 du schéma ci-contre. |
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| R1 | R2 | R3 | R4 | |
| Gα-GDP | - 1 | + 1 | 0 | 0 |
| Gα-GTP | + 1 | - 1 | - 1 | 0 |
| Gα' | 0 | 0 | + 1 | - 1 |
| PKC | 0 | 0 | 0 | + 1 |
Donner une réponse courte et simple (mots-clé) aux questions suivantes.
| Q1. A quel type précis de récepteur correspond le récepteur ? | Les récepteurs trimériques activés par l'ATP (récepteurs purinergiques) |
Q2. Quel type précis de molécule permet la sortie du calcium (réactions 10 et 11) ? |
Canal ionique |
k0 |
Formation "spontanée" de Ga-GTP (nécessaire au modèle même si irréaliste) |
| Q4. A quelle grande famille de molécules biologiques appartient l’inositol ? | Ose |
